事业单位工作人员的退休金，在满足一定条件的情况下，35年服务年限与40年服务年限会有所不同，主要表现在以下几个方面：

退休金比例。根据相关规定，工作年限满35年的人员，其退休金按退休前基本工资的90%支付。而工作年限超过35年但不满40年的人员，退休金比例会有所下降，但具体比例未明确说明。这意味着，仅从退休金比例角度看，40年服务年限的退休人员可能获得更高的退休金。

个人账户累计金额。退休金的计算还与个人账户的累计金额有关。在职期间缴费基数一致的情况下，长期服务的个人账户累计金额通常会高于短期服务的个人账户累计金额，从而影响退休金的数额。

额外福利补贴。一些单位或地区可能会为服务满40年的退休人员提供额外的福利补贴，如退休金补贴、医疗保障等，这也是40年服务年限可能带来额外收益的一个方面。

综上所述，事业单位工作人员的退休金在35年与40年服务年限的情况下会有所不同，主要体现在退休金比例、个人账户累计金额以及可能的额外福利补贴等方面。