人事代理与事业编制退休制度在以下几个方面存在区别：

退休待遇的差异。人事代理员工通常不享受单位提供的养老金待遇，退休后需要依赖个人缴纳的社保来维持生活。而事业编制员工可以享受养老金，并且通常还有医疗保险、住房公积金等福利待遇。

用工形式和合同性质的差异。人事代理员工通常是个人与用人单位签订劳动合同，但并非与用人单位建立了事业编制关系，可能是劳务派遣或合同工的形式。相比之下，事业编制员工是与事业单位签订劳动合同，成为单位正式编制内的员工。

工作性质的差异。人事代理工作通常是临时性、特定项目性的，而事业编制工作则相对稳定，通常是长期、稳定的岗位。

这些差异反映了不同用工形式在员工待遇、权益以及退休方面的不同安排。