是的，三类事业单位考试存在一定的差异。具体差异体现在以下几个方面：

考试内容：三类事业单位考试在考试内容上存在明显差异。综合管理类(A类)主要考察行政性、事务性和业务管理方面的知识，社会科学专技类(B类)主要考察人文社科类专业技术知识，自然科学专技类(C类)主要考察自然科学类专业技术知识。

岗位设置：三类事业单位的岗位设置也有所不同。综合管理类(A类)主要适用于事业单位中以行政性、事务性和业务管理为主的岗位，社会科学专技类(B类)主要适用于事业单位人文社科类专业技术岗位，自然科学专技类(C类)主要适用于事业单位自然科学类专业技术岗位。

备考方法：由于三类事业单位考试内容和岗位设置不同，相应的备考方法也存在差异。例如，综合管理类(A类)考试内容侧重于记忆知识点，而社会科学专技类(B类)和自然科学专技类(C类)考试内容则更注重学习方法和技巧的应用。