孤本∶书籍

A.正方形∶长方形

B.蔬菜∶土地

C.显微镜∶实验室

D.礼物∶商品

正确答案：A

【解析】第一步，确定题干逻辑关系。
“孤本”是指某书刊仅有一份在世间流传的版本，亦指仅存的一份未刊手稿或原物已亡佚，仅存的一份拓本。“孤本”属于“书籍”的一种，二者属于包容关系中的种属关系。
第二步，辨析选项。
A项：“正方形”是“长方形”的一种，二者属于包容关系中的种属关系，与题干逻辑关系一致，符合；
B项：“蔬菜”可以在“土地”上种植，二者属于对应关系，排除；
C项：“显微镜”一般在“实验室”较为常见，二者属于对应关系，排除；
D项：有的“礼物”是“商品”，有的“商品”可以作为“礼物”，二者属于交叉关系，排除。
因此，选择A选项。