《行政许可法》规定的提出行政许可申请的方式不包括：

A.信函

B.电报

C.电子邮件

D.电话

正确答案：D

【解析】第一步，本题考查行政许可并选错误项。
第二步，根据《行政许可法》第29条规定，行政许可申请可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。由此可见，行政许可申请必须由书面形式提出，不可由口头方式提出。
因此，选择D选项。