军事科学院文职博士的待遇包括以下几个方面：

基本工资。博士研究生的基本工资约为11000元。

住房保障。实行社会化、货币化保障政策，符合条件的可以租住用人单位集体的宿舍或者公寓住房。文职人员的住房公积金、住房补贴和房租补贴参照现役军官政策确定的标准执行，符合规定条件的人员，军队可以增发住房补助。

社会保险。军队用人单位及其文职人员参照国家公务员和事业单位工作人员办法，参加用人单位所在地社会保险，包括养老保险、职工基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险。军队为文职人员建立职业年金。文职人员平时看病享受社保待遇，军队给予医疗补助;执行军事任务期间享受免费医疗。

福利优待。持文职人员证在机场、车站等可走“军人依法优先”通道，享受购票、安检、候车、乘车、值机、登机等环节的优先服务。文职人员每年享受一次免费健康体检，探亲休假、子女入托等普惠性福利待遇与现役军官同等享受。