国家体育总局是正部级单位。正部级机构和副部级机构还有一个相对明显的区别是，一般正部级机构内设的处理日常综合事务的部门大多数叫“办公厅”，而副部级单位如国家旅游局等大多叫“办公室”。

中国体育总局实行局长负责制。局长领导总局的全面工作，副局长、局长助理协助局长工作。副局长、局长助理按分工负责处理分管工作;受局长委托，负责其他方面的工作或专项工作任务，并可代表总局进行外事活动。局长离京出差(出国)、休假期间，经局长同意，依照排序由在京的副局长主持工作，代行局长职责。