一是体制不同。农村信用社前几年经过股权改革成为股份合作制的非银行金融机构，这好像是我国特有的组织形式;而村镇银行是股份制商业银行，监管当局还称之为新型农村金融机构之一。

二是股权结构不同。农村信用社是由社员入股，股东人数极多，股权分散，公司治理流于形式，股东权利不易体现;村镇银行是由境内外金融机构、境内非金融机构企业法人、境内自然人出资，在农村地区设立的银行业金融机构，按照银监会规定，必须由一家符合监管条件，管理规范，经营效益好的商业银行作为主要发起银行并控股，其他企业、自然人参股。

三是品牌知名度和风险管理水平不同。农村信用社历史悠久，百姓认知度较高，但历史包袱较重，风险管理水平有待提高;而村镇银行是最近5年左右才开始组建的新生事物，由于其主发起银行均是运作高效、管理经验成熟的商业银行，会得到其直接的业务指导和后台支持、人员培训等，且没有历史包袱，资产质量较高，可谓轻装前行。

四是服务效率不同。农村信用社由于历史原因，为提高资产质量，控制风险，虽然多为区县一级法人，但多数地方都将信贷审批权限大幅上收，导致贷款审批效率不高;村镇银行由于其公司治理规范，股东能真正行使权力，能促进其科学健康发展。