职务性质不同。主办是指主办某项工作的公务员，通常负责具体执行和协调相关事务，属于具体执行类职务。而主任科员是中国公务员职务的一种，属于综合管理类非领导职务序列。

工作内容不同。主办职位的职责主要是负责处理日常事务、协调各方面工作、参与决策等。在行政机关中，主办职位通常需要具备一定的组织、协调和沟通能力，以便有效地完成各项工作任务。而主任科员的职责主要是协助领导处理日常事务、负责部门的日常管理、协调各方面工作等。

权力范围不同。主办通常具有较高的执行力和协调力，而主任科员则更注重管理方面的职责，例如制定工作计划、分配任务、监督执行等。