医师注册流程通常包括以下步骤：

准备资料。首先需要准备《医师注册申请表》，医师资格证原件及复印件、身份证原件及复印件、二甲医院以上的体检证明原件、医疗机构聘书(一般为合同复印件)、2寸免冠照3张等资料，并将这些资料装在一个档案袋里备用。

登录电子化注册系统。访问医师电子化注册信息系统，选择个人版登录，填写姓名、身份证信息、手机号码、电子邮箱等真实信息。

激活账户。在系统中填写完相关信息后，进行手机安全验证，验证通过后，联系主要执业机构的负责人，医疗机构会发送激活码至您的手机或邮箱，正确填入激活码后，点击“激活我的账户”。

提交申请。激活账户后，向所在地县级以上卫生行政部门申请注册。

证件领取。提交申请后约30天，可以电话询问办理进度，若审核通过，凭借回执单去卫计委领取证件，并交纳一定费用。

此外，如果在获得医师资格后两年内未注册，需要提交在省级以上卫生行政部门指定的机构接受3至6个月的培训，并经考核合格的证明。