公益二类事业单位在事业单位改革中可能会面临两种命运。具体如下：

保留公益性质。一些没有收费职能或收费职能较少且呈撤消趋势的公益二类事业单位可能会继续保留其公益属性。这类单位通常没有收费职能，或其收费职能较少且呈现撤消趋势。

改制为企业。一些具有收费职能且承担的职能可以被社会替代的公益二类事业单位可能会改制为企业。这类单位通常具有收费职能，且其承担的职能可以被社会其他机构替代。